眾所周知：天然水體的凈化系統中是離不開細菌和藻類，細菌和藻類是凈化水質、讓受到有機質污染的水體恢復正常水質的重要一環(huán)。在自然水體中、養(yǎng)殖池塘中，由于人工投料、光合作用等，水體主要的污染是有機碳、有機氮。
在有機碳、有機氮不超負荷、陽光和水溫相適應的條件下，水體中的好氣性細菌會把池塘中有機碳、有機氮等有機污染物氧化分解為NH4+、PO43-、CO2等無機產物和有機酸釋放在水體。池塘水體中的藻類通過光合作用把這些好氣性細菌的代謝產物作為營養(yǎng)源,合成自身的細胞。養(yǎng)殖濾食性魚的池塘，魚也會攝食微藻和微生物合成自身蛋白質。這就完成了這個池塘中的碳循環(huán)和氮循環(huán)整個過程，水質恢復到正常。
可以看出：水體的生態(tài)凈化系統并不是僅僅通過定期向水體補充有益菌、定期向水體補充有機碳和微量元素就能夠達到菌–藻間的平衡。
水體菌–藻是否平衡,取決于：
1、水體中的微生物否能完全的、及時的分解池塘中的有機碳、有機氮。
2、藻類能否完全的、及時的把微生物的分解物再合成為有機質恢復水質。也就是說：微藻、微生物能否在數量上成互補的比例。
3、當時的水溫、陽光是否有利于微藻光合作用、是否有利于微生物的生長繁殖過程中氧化、分解有機質。
4、水體有機碳和有機氮是否超負荷，超出了池塘微藻、微生物的凈化容量。
如果由于投料太多或者濫用有機碳，就可能會導致超出微生物的分解能力或水體溶解氧無法正常微生物的分解，就會導致微藻無法及時攝取、清理水體中微生物的分解物，將會導致池塘中有機碳和有機氮等有機質的堆積、微生物的代謝物堆積，池塘底部、水質惡化。
在有機質過于豐富的池塘，不僅應該慎潑灑糖蜜、慎濫投料，還需要通過化學手段，減少可溶性的有機質，才能夠維持菌藻平衡，達到凈化水質的目的。
池塘底泥、水體黒臭的原因
池塘底泥和水體“黑臭”表明池塘中已經菌藻不平衡，池塘有機碳、有機氮太多，池塘已經缺氧,有機碳、有機氮等有機質在厭氧微生物分解下，大量產生如胺類[CH3NH2,(CH3)3N]、硫化氫、氨等的臭味氣體。同時由于底泥和水中的鐵、錳等重金屬還原,與水中的硫離子形成硫化亞鐵等使水體呈現黑色。
池塘水體、底泥出現黒臭，也就是意味著，這個池塘的水體凈化系統中的有機碳、有機氮等有機質已經超過了池塘能夠承擔的凈化能力，水體中藻—菌已經不平衡了。
在藻–菌平衡的凈化生態(tài)系統中，菌藻之間是如何互補和達到平衡。
